凝胶过滤是通过分子筛大小分离不同物质，通常用于脱盐蛋白质溶液。对于具有分子量测定的蛋白质溶液，可以通过比较分子量来估计靶蛋白的洗脱时间。蛋白质的性质只能跟随每个蛋白质峰，然后进行鉴定。如何比较蛋白质的分子量来估计目标蛋白质的洗脱时间？

如果分子量大，则不能进入凝胶的孔隙。洗脱时间短，分子量小，进入凝胶孔。洗脱时间很长，但这是相对的。例如，两个大蛋白分子不能进入内孔。然后它们将同时洗脱并且不能分离，因此凝胶适合于具有大分子量差异的蛋白质之间的分离。